Сержант Конин прошёл курс переподготовки лётного состава на штурмовик Ил-2 и был направлен в формировавшийся 808-й штурмовой авиационный полк 267-й штурмовой авиационной дивизии (с 1 мая 1943 года – 93-й гвардейский штурмовой авиационный полк 5-й гвардейской штурмовой авиационной дивизии).
В действующей армии – с 28 октября (по другим данным, с 28 ноября) 1942 года. Сражался на Юго-Западном, 3-м и 1-м Украинских фронтах.
Участвовал в Сталинградской битве в составе 17-й воздушной армии на Юго-Западном фронте.
В июле 1943 года в составе своей дивизии участвовал в Курской битве.
13 августа по 22 сентября 1943 года принимал участие в Донбасской наступательной операции и освобождении Донбасса.
С 25 по 23 декабря 1943 года на Юго-Западном (с 20 октября – 3-м Украинском) фронте участвовал в составе 17-й воздушной армии в битве за Днепр, в том числе в ликвидации запорожского плацдарма противника и освобождении города Запорожье, за что 5-й гвардейской штурмовой авиационной дивизии было присвоено наименование Запорожской.
На 3-м Украинском фронте в составе 17 воздушной армии с 6 по 18 марта 1944 года участвовал в Березнеговато-Снигирёвской наступательной операции в междуречье Ингульца и Южного Буга и в освобождении Херсона.
С 26 марта по 14 апреля участвовал на 3-м Украинском фронте в Одесской наступательной операции – разгроме приморской группировки противника между реками Южный Буг и Днестр, освобождении северо-западного побережья Чёрного моря, включая города Николаев и Одесса, освобождении приднестровской части Молдавии.
К 20 мая 1944 года М.Ф. Конин совершил на штурмовике Ил-2 120 успешных боевых вылетов, нанеся врагу большой урон техники и живой силы.
